Dy ndër mendjet më të njohura shqiptare, Ismail Kadare dhe Rexhep Qosja, u përfshinë në një polemikë të fortë në distancë mbi identitetin europian të shqiptarëve. Debati, i cili zgjati më shumë se dy vjet dhe përfshiu edhe intelektualë të tjerë, u mbyll shumë kohë më vonë me një pajtim mes tyre.
Kadare zhvillonte tezën se shqiptarët duhet të kapërcejnë pesë shekujt nën pushtimin osman dhe të rikthehen si princër të Evropës, “tek ADN-ja e Skënderbeut”. Ai kritikonte atë që e perceptonte si përçarje dhe përqafonte një vizion që dallonte identitetin evropian nga ndikimet e tjera. Në një nga formulimet e tij ironike dhe të ashpra Kundër këtij drejtimi ai pati deklaruar: “Krejt si një shpend i verbër, një dërgatë shqiptare fluturoi me avion për në Xhedal, fluturim pas së cilit Shqipëria u gdhi në Ligën Islamike. Hotelet e shtrenjta të Dubait, të shoqëruara, ndoshta, nga dhurata të shtrenjta, ishin mjaft joshëse gjithashtu edhe për të majtën”. Për Kadarenë, “Përçartje të tilla, në prag të afrimit të portave të Evropës, përpara se të ishin komike, janë thellësisht tragjike. Si të tilla, ato kërkojnë një përgjigje të qartë, serioze dhe pse jo, të prerë. Në raste të tilla parimi kryesor është se një popull është ai që është dhe s’ka nevojë as për pudër zbukurimi e as për blozë përçmuese”.
Qosja iu kundërvu këtij qëndrimi duke i dhënë mbrojtje myslimanëve shqiptarë dhe duke theksuar barazinë e tyre me të krishterët brenda identitetit kombëtar. Në esenë e tij “Identiteti kombëtar dhe vetëdija fetare” ai deklaronte: “Shqiptarët i takojnë qytetërimit ismalik, hiç më pak se qytetërimit të krishterë”. Qosja i quajti tezave të Kadaresë premisa të gabuara dhe i shpalli kulloshtazi raciste: “Sprova e Ismail Kadaresë, është e mbështetur në premisa të gabuara: në përpjekje për të dëshmuar, në njërën anë kundërshtitë kulturore midis Evropës e Lindjes myslimane, kurse, në anën tjetër sipërinë e identitetit evropian ndaj identiteteve të tjera, para së gjithash, ndaj identitetit mysliman! Dhe, kjo sipëri është, sipëri raciste”.
Vite më vonë, të dy intelektualët i dhanë fund polemikës. Në fjalimin e tij për 90-vjetorin e lindjes së Kadaresë, akademiku vlerësoi se mospajtimet mbi identitetin ishin mendime dhe argumente intelektuale e kulturore, jo personale, por pranoi se ato patën pasoja në marrëdhënien e tyre personale: “Këto mospajtime nuk ishin personale; ato ishin intelektuale dhe kulturore. Megjithatë, siç ndodh ndonjëherë në jetën njerëzore, ato lanë pasoja edhe në raportin tonë personal. Shoqëria jonë u zbeh dhe rrugët tona, mjerisht, nuk u takuan më”.
