Pak ditë para arrestimit të tij gjatë operacionit policor të koduar “Fundi i Arratisjes”, Ylli Zalla ishte marrë i pandehur nga prokurori i kryeqytetit, Arjan Përmeti. Dosja ndaj 48-vjeçarit, që gazetarja e Top Channel, Anila Hoxha, disponon, rezulton e dërguar në Gjykatën e Tiranës në fund të korrikut, disa ditë para vendosjes së prangave. Zalla akuzohet për mbajtje pa leje të armëve dhe prodhim e shitje narkotikësh; më 7 qershor Gjykata e Tiranës ka shpallur arrest në mungesë, duke mos e lënë çështjen kundër tij si të vetmen ndaj një të dyshuari.
Hetimet, sipas dosjes, nisën pas vrasjes së Gilmando Danit. Në vijim të hetimeve janë thirrur dhe intervistuar banorë të zonës ku ndodhi ngjarja, si dhe banorë të zonës ku autorët dyshohet se braktisën dhe dogjën automjetin. Gjatë veprimeve verifikuese, Zalla është thirrur si person me dijeni; policia shkoi në banesën e tij dy ditë pas vrasjes. Prokuroria në dosje citon se oficerët kontaktuan telefonikisht me Zallën, i cili i ka thënë “do të paraqitem”, por më pas ka ndërprerë komunikimin dhe nuk është paraqitur në banesë.
Policia ka kërkuar praninë e prindërve të Zallës, që jetojnë pranë, për të kryer kontrolle në banesë. Procesverbalet përshkruajnë se gjatë kontrollit u gjetën armë dhe sende të tjera, përfshirë dylbi, pajisje me lëndë plasëse të improvizuar dhe granata dore, të cilat u asgjësuan nga REA. U sekuestruan po ashtu telefonë, armë automatike dhe drogë. Nga materialet rezulton edhe një letër e shkruar me dorë ku shkruhej: “Duhet me ndërru telin, o Red, kujdes me telin”.
Prokuroria mbështetet në ekspertizat teknike të urdhëruara në hetim. Sipas tyre, një nga pajisjet ishte bërë me gyp ndezës dhe e aftë për shpërthim. Bombë e dytë, e instaluar me telefon, është konsideruar nga eksperti si e paaftë për shpërthim, megjithatë tritoli dhe detonatori i instaluar në të janë vlerësuar si të shpërthyeshëm me vonesë.
