Rexhep Qosja përshkruhet nga historiani Pëllumb Xhufi si një zë i fuqishëm i mendimit kritik dhe mbrojtës i palodhur i çështjes kombëtare. Gjatë drejtimit të Institutit të Albanologjisë në vitet 1972–1981, Qosja e shndërroi institutin në një vatër të lëvizjes kombëtare, ku sipas Xhufit u formua ndërgjegjja kombëtare dhe nisën lëvizjet më të mëdha, përfshirë ato studentore. Xhufi përmend se Qosja mbështeti protestat studentore të vitit 1981, të cilat më vonë u shndërruan në demonstrata gjithëpopullore.
Qosja mbajti qëndrim aktiv edhe gjatë luftës për çlirimin e Kosovës; Xhufi thotë se ai ishte ndër të parët që përqafoi Ushtrinë Çlirimtare të Kosovës dhe mbajti lidhje me luftëtarët e UÇK-së, duke e vënë veten në rrezik. Si shembull të asaj periudhe, Xhufi tregon një incident në zyrën e Qoses në Institutin Albanologjik në 1999, kur serbët hynë dhe portreti i Naim Frashërit u thatë me një bajonetë. Kontributi i Qoses në Konferencën e Rambujesë në Paris vlerësohet nga Xhufi si vendimtar; ai e përshkruan Qosen si pikë reference dhe busull për delegacionin, që thoshte gjërat troç dhe ndikonte në vendimmarrje.
Pas çlirimit të Kosovës, Qosja u angazhua politikisht duke themeluar një subjekt dhe, së bashku me kolegë të tjerë, krijoi grupimin “Partia Parlamentare” me qëllimin e përfshirjes së intelektualëve në ngjarjet politike. Sipas Xhufit, iniciativa nuk pati sukses të mëtejshëm; Qosja e pranoi këtë me sportivitet dhe iu rikthye krijimtarisë letrare dhe publicistikës me synim shërbimin e proceseve publike.
Rrënjët e tij personale mbetën të forta në vendlindjen e tij, Vuthaj të Gucisë, ku kalonte pothuajse çdo verë për t’u rikthyer e për t’u prezantuar në një vend që po përballet me zbrazjen demografike, sipas Xhufit.
