Financimi i kërkimit shkencor në universitetet publike shqiptare mbetet i vogël në krahasim me shpenzimet totale. Nga 103 milionë euro që kanë shpenzuar universitetet gjatë një viti akademik, vetëm 4.2 milionë euro shkuan për fondin e kërkimit shkencor, ku përfshihen edhe dieta dhe udhëtimet. Nga kjo shifër, Universiteti i Tiranës shpenzoi rreth 1.02 milionë euro, ndërsa Politekniku 756 mijë euro. Të dhënat janë të kufizuara vetëm tek paratë që universitetet kanë vënë në dispozicion për këtë zë, jo tek totali i parave të shpenzuara nga buxheti i shtetit apo përfitimet nga projekte të ndryshme.
Qeveria deklaroi për herë të parë dyfishimin e fondeve për kërkimin shkencor, nga 758 milionë lekë në vitin 2023 në 1.5 miliardë lekë për vitin 2024, por këto fonde mbeten rreth 10 herë më të ulëta se mesatarja e vendeve të BE-së. Një e treta e buxhetit të vitit 2024 për kërkim shkencor vjen nga financimi i huaj, që shpesh shoqërohet me detyrimin për pjesëmarrje në projekte ndërkombëtare.
Si një tregues i tërheqjes së fondeve të huaja, Shqipëria ka përfituar rreth 11 milionë euro nga programi ‘Horizon Europe’, me rreth 900 aplikime dhe 60 projektet e kualifikuara si fituese. Nga këto fonde, rreth 4 milionë euro i kanë përfituar organizatat dhe 3.7 milionë euro universitetet. Në rajon, Serbia, Mali i Zi dhe Bosnja e Hercegovina kanë përqindje suksesi më të larta, ndërsa Shqipëria është përpara vetëm Kosovës.
Megjithë nevojat për financim të kërkimit, një pjesë e konsiderueshme e shpenzimeve të universiteteve shkon për rikonstruksione, investime dhe mobilim. Universiteti Politeknik ka shpenzuar rreth 4.1 milionë euro për investime dhe ndërtime, Universiteti i Tiranës rreth 3.6 milionë euro, Universiteti i Durrësit rreth 3.5 milionë euro për mobilim të një ndërtese, dhe Universiteti i Mjekësisë mbi 2.1 milionë euro për rikonstruksionin e godinës së Farmacisë.
Raporte të organizatës Qëndresa Qytetare evidentojnë vështirësi në aksesin ndaj kontratave, dokumentim të pamjaftueshëm të disa shpenzimeve dhe përqendrim të pagesave te disa operatorë ekonomikë. Përfaqësues të shoqërisë civile dhe akademisë kanë kritikuar nivelin e ulët të fondeve dhe mënyrën e shfrytëzimit të tyre.
