Më 23 prill 1978, në një pasdite në Verona, Franco Baresi debutoi në Serie A si 17-vjeçar, i aktivizuar si libero nga trajneri Nils Liedholm. Milani fitoi 2-1 ndaj Veronës dhe Baresi la përshtypje që në ndeshjen e parë, duke marrë komplimente nga bashkëlojtarët; Nereo Rocco ia kujtoi me humor të ruajë përulësinë. Shpejt u bë titullar dhe kontribuoi në fitimin e titullit kampion të vitit 1979, të njohur si “Scudetto della Stella”. U grumbullua për Europianin 1980 por pa debutuar.
Më pas përjetoi vështirësi: Milani u dënua me rënie në Serie B për shkak të skandalit të basteve, dhe Baresi u ndal për disa muaj në sezonin 1981-1982 nga një infeksion në gjak, për të cilin më vonë tregoi se kalimi nga fusha te gjendja ku mezi ecte ishte i vështirë. Trajneri Enzo Bearzot e përfshiu në skuadrën që fitoi Botërorin 1982 në Spanjë, edhe pse Baresi nuk luajti asnjë minutë.
Debutimi i tij me kombëtaren erdhi më 4 dhjetor 1982 në Firence ndaj Rumanisë. Luajti si libero në mungesë të Gaetano Scirea-s dhe, pas largimit të Scirea-s dhe me ardhjen e trajnerit Azeglio Vicini, u shndërrua në liderin e padiskutueshëm të mbrojtjes italiane.
Në vitin 1987 Milani ndryshoi me ardhjen e Silvio Berlusconit, transferimet e Ruud Gullit dhe Marco van Basten dhe, mbi të gjitha, emërimin e Arrigo Sacchi në stolin teknik. Filozofia revolucionare e Sacchi-t me presing të lartë dhe lëvizje kolektive i përshtati Baresit, i cili u bë figura qendrore e sistemit. Milani fitoi Kupën e Kampionëve në 1989, shkatërroi Realin 5-0 në Bernabeu dhe mposhti Steaua-n 4-0 në finalen e Barcelonës në 1990; Baresi ngriti trofeun në Camp Nou.
Pas largimit të Sacchit, Fabio Capello mori drejtimin në 1991. Baresi si kapiten propozoi vazhdimin e 4-4-2 me më shumë ekuilibër; rezultatet sollën katër tituj kampionë, tre radhazi, trofe europianë dhe një tjetër Champions League. Në finalen e Champions League 1994 kundër Barcelonës ishte i pezulluar, por udhëhoqi taktikisht ekipin para ndeshjes; Milani fitoi 4-0.
Në finalen e Botërorit 1994 në Pasadena Baresi u rikthye 25 ditë pas dëmtimit në menisk, ishte lojtari më i mirë në lojë, por humbi penalltinë e parë në serinë vendimtare; Brazili fitoi dhe Baresi u largua i dëshpëruar. Ai luajti gjithë karrierën profesionale me Milanin, u tërhoq në 1997 dhe klubi hoqi nga qarkullimi fanellën me numrin 6 në nder të tij. Emri i tij lidhet me historinë e Milanit, Italisë dhe futbollit botëror.
